No es la primera vez que la revista sufre ataques terroristas. Desde que entró con fuerza en la polémica de las caricaturas de Mahoma, que se desató en 2005 cuando un periódico danés publico imágenes del profeta, algo prohibido en el Islam. En la sociedad y en los medios de comunicación en Europa se abrió un profundo debate entre la libertad de expresión y el respeto por las religiones.
Charlie Hebdo apostó por la libertad de expresión y criticó duramente a la autocensura que se aplican los creadores, autores y medios de comunicación respecto a la religión musulmana. Entre las portadas más mediáticas se encuentran en la que aparece el profeta Mahoma en una silla de ruedas conducida por un rabino en la que dice: "No hay que mosquearse", mientras que en la parte superior de la viñeta se lee: "intocables".
Publicó el manifiesto de doce intelectuales como Salman Rushdie o Bernard-Henri Lévy a favor de la libertad de expresión y en contra de la autocensura en 2006 tras replicar las caricaturas danesas de Mohoma y fue demandado por autoridades islámicas francesas, acusándole de un delito de "injurias públicas contra un grupo de personas en razón de su religión".
Pese a los ataques y presión, Charlie Hebdo ha seguido publicando viñetas y caricaturas sobre el Islam. Hasta ahora el ataque más grave sucedió a principios de noviembre de 2011 cuando su redacción fue incendiada por lanzamientos de varios cóctel molotov. La revista regresó a los kioscos con una portada en la que un musulmán y un dibujante se daban un lascivo beso bajo el titular: "el amor es más fuerte que el odio".
