Las subvenciones más importantes que reciben tanto los sindicatos como la CEOE provienen del Ministerio de Empleo. De media, estas partidas se han reducido un 45% durante el mandato popular. En 2011, el entonces ministro Valeriano Gómez (afiliado a UGT) destinó casi 16.000 millones de euros a subvencionar 79 organizaciones sindicales. El 70% de este dinero fue destinado a Comisiones Obreras (que recibió 6.385 millones) y UGT (6.121 millones). Un 20% se repartió entre sindicatos minoritarios y el restante 10% fue a parar a la CEOE. 

En cambio, esa cifra se redujo a casi a la mitad en 2014, cuando el Ministerio de Fátima Báñez destinó 8.883 millones de euros para 65 organizaciones sindicales, de los cuales CCOO se llevó 3.485 y UGT, 3.262.

Según informan distintas fuentes, esta gran diferencia entre las subvenciones de Empleo entre 2011 y 2014 se debería a una presunta red relacionada con el fraude de los cursos de formación: el dinero destinado a los sindicatos iría a parar a impartir cursos de formación encargados a empresas "amigas".

Estas cantidades recibidas desde el Ministerio de Empleo durante el Gobierno socialista fueron enseguida recortadas en un 20% por el Gobierno Popular con la intención de disminuir gastos para cumplir con el objetivo de déficit. Según cifró la propia vicepresidenta del Gobierno, este recorte supuso un ahorro de tan solo 55 millones de euros.